Le 31 janvier 2006 s'est déroulé le second tour des élections professionnelles, dans les académies et pour les collèges électoraux où la participation au premier tour était inférieure à la moitié des inscrits. Deux académies étaient concernées et dans les deux cas, le SNALC y a fait très bonne figure. Dans la capitale, il double ses sièges d'agrégés, comme il l'avait déjà fait le 6 décembre chez les certifiés. A Mayotte, où notre syndicat n'avait jusqu'alors pas d'élu, il a obtenu 110 suffrages chez les certifiés, ce qui lui a permis de remporter quatre sièges de titulaires et quatre de suppléants. Ces résultats qui s'ajoutent à ceux acquis chez les agrégés deux mois plus tôt permettent au SNALC de devenir la seconde organisation représentative de l'enseignement secondaire de la Collectivité Départementale.

Au total, avec 24 commissaires paritaires supplémentaires (titulaires et suppléants), le Syndicat national des lycées et collèges a vu sa représentation académique et territoriale progresser de près de 10 %.